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Cool preprint! AlphaFold has revolutionized protein structure prediction, but can it help design de novo protein binders too? This study takes a big step in that direction, with predictions and validations for binders targeting allergens, Cas9 and others. 🧪 www.biorxiv.org/content/10.1...

Figure showing a protein binder that blocks IgE binding to a common allergen.
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Rrivmk.bsky.social

今後はAlphaFoldのタンパク質構造予測を筆頭に計算化学分野のAI創薬とかのテーマの受賞が増えそうだよね

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Cute Alphafold homo dimer via Google Colabfold interface. #ModelOfTheDay

Pictured is a ribbon diagram of a protein homodimer generated by Alphafold. Dark blue ribbons indicate a higher pLDDT score which is a rough confidence score
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Ppharmblog.bsky.social

Damit ist es der erste und einzige Ligand für diesen Rezeptor! (Und auch, welche Rezeptoren im Körper CXCL17 erkennen, ist bisher nicht ganz klar.) Um das AlphaFold-Modell zu bestätigen, haben sie einen live cell Assay durchgeführt, ⬇️

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Ppharmblog.bsky.social

Die Forscher:innen haben hier AlphaFold genutzt, um die Bindung des Chemokins CXCL17 (Chemokine sind wichtige Botenstoffe des Immunsystems) an verschiedene Rezeptoren zu modellieren. Und tatsächlich kann laut AlphaFold der Orphan Rezeptor GPR25 das Chemokin CXCL17 binden. ⬇️

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Checking to see if they’ve open sourced Alphafold 3 yet. #Chemsky 🧪

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SRsteveroyle.bsky.social

Is there a self-help group for “I ran an AlphaFold 3 prediction and it is fundamentally different to the AF2 prediction”? Asking for a friend.

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