Não tem nada haver com o Rinnegan impedir um genjutsu lançado no usuário, mas sim desfazer o genjutsu em terceiros.

Cap 692 Hagoromo explica que para desfazerem o Tsukuyomi Infinito nas pessoas eles precisariam do Rinnegan + chakra das nove Bijūs. O Rinnegan não é capaz de fazer isso sozinho