vogais sem consoante terem letras distintas é bem típico de abugidas, na verdade, devanágari funciona assim

E realmente são assim. Ainda me lembro do funcionamento do devanágari, embora nem tanto das letras em si. É que faltou mencionar um detalhe: ao contrário das abugidas, no Phags-Pa as vogais não são adicionadas às consoantes como acentos/diacríticos.