日本のある都市。海鳴市で暮らす平凡な小学三年生、高町なのは。ある日、なのはは、異世界から訪れた少年ユーノと出逢う。ユーノの目的は、海鳴市に散らばった異世界の遺産。「ジュエルシード」の回収。暴走したジュエルシードからユーノを助けようとしたなのはは、自身に「魔法」の才能がある事を知る。危険なジュエルシードを回収するため、なのははユーノと協力し、ユーノから託された知性を持った魔導端末「魔導師の杖」レイ…