documentação eh importante sim, mas documentar procedures nao eh diferente de documentar código em Java ou outra lang. quanto a SQL, que geralmente eh invocada pela aplicação, segue a mesma regra: documenta o código em si que invoca o SQL. e clara, preferencialmente cobre com testes automatizados!

Digo nos documentos sobre a arquitetura do projeto, nada muito complexo, só pra ser fácil achar onde ficam as coisas :)