GitHubに登録した公開鍵は1年間使用しないと自動で削除される。アカウント個別に登録したものだけでなく、リポジトリに登録したデプロイキーとかも、このルールの対象になる。これマメな。

SSH キーの削除または紛失 - GitHub Docs

セキュリティ上の理由から、過去 1 年間使用されていない SSH キーを GitHubは自動的に削除します。