Subir a aplicação usando o Spring Boot dentro do Wilfly para legal para validar, porém ao meu ver não seria a melhor opção, o Spring Boot tem vários starter que simplificam as coisas, mas que pode gerar alguns problemas com o wildfly.

Quando você usa um servidor de aplicação, a ideia que ele controle a camada de infraestrutura da aplicação, como pool de conexões com o banco, logs, etc. Por exemplo se usar o stater do spring-data, ele vai subir seu próprio pool de conexões.